Kênh Vĩnh Tế đào song song với đường biên giới Việt Nam-Campuchia, bắt đầu từ bờ tây sông Châu Đốc thẳng nối giáp với sông Giang Thành, thuộc thành phố Hà Tiên, tỉnh Kiên Giang ngày nay.

Nguyên nhân là vào năm 1816, khi thành Châu Đốc được đắp xong, Trấn thủ trấn Vĩnh Thanh Lưu Phước Tường tâu lên, vua Gia Long xem địa đồ miền đất này liền truyền: Xứ này nếu mở đường thủy thông với Hà Tiên, thì hai đàng nông thương đều lợi. Trong tương lai, dân đến ở làng đông, đất mở càng rộng, sẽ thành một trấn to vậy. Biết thế, nhưng nhà vua chưa ra lệnh đào ngay vì ngại đây là vùng đất mới mở, nhân dân còn cơ cực, nếu bắt làm xâu thêm khổ sở, lòng dân sẽ không yên [2]

Song mãi đến tháng 9 (âm lịch) năm Kỷ Mão (1819), vua Gia Long mới cho lệnh đào kênh, và công việc được bắt đầu khởi công vào ngày 15 tháng Chạp năm ấy[3].Sách Quốc triều sử toát yếu, phần Chánh biên, chép:

"Tháng 9, (cho) đào sông Châu Đốc thông với Hà Tiên, gọi là sông Vĩnh Tế [4] Ngài (Gia Long) nghĩ trấn Vĩnh Thanh, trấn Hà Tiên gần nước Chân Lạp mà không có đàng thủy, qua lại không tiện. Lúc ấy có quan Chiêu thùy Chân Lạp là Đông Phòng sang chầu, Ngài đòi vào hỏi việc đào sông, (viên quan ấy) tâu rằng: 'Nếu đào sông ấy thời ích lợi cho dân Chân Lạp lắm'. Ngài vui lòng. Liền truyền dụ dân Vĩnh Thanh rằng: 'Công trình đào sông ấy rất khó, việc Nhà nước và cách phòng giữ bờ cõi quan hệ rất lớn. Các ngươi tuy khó nhọc một lần, mà ích lợi cho muôn đời ngày sau; dân ngươi phải báo cho nhau biết chớ nên sợ nhọc'" [5].